Dobrý den,
myslím si, že z bezpečnostního hlediska není vůbec dobré mít v systému nainstalovaný certifikát bez silné ochrany (kdejaký virus či trojan může pak vesele podepisovat aniž by cokoliv uživatel zpozoroval), přece jenom jde o peníze - tyto elektronická podání u nás vyřizuje účetní, která svým certifikátem podepisuje i jiné věci.
U nás jsem to vyřešil tak, že používáme do souboru vyexportovaný certifikát na šifrovaném disku, který se připojuje pouze pro potřeby PartnerLinku.
V nastavení PartnerLinku je pak potřeba zvolit pro podpisy tento soubor a heslo.
Toto beru jako znouzecnost a doufám, že PartnerLink se brzy bude (v nějaké další verzi) chovat korektně a umožní používat zabezpečené certifikáty bezproblémově.